GR 자이언트 로보 세계 각지에 나타나 유적 파괴 행동을 일삼는 거대 로봇이 등장하게 된다. 그러나 그러한 파괴 행위의 목적은 불분명했다. 이러한 때, 오키나와에서 아르바이트로 생활하고 있던 주인공 쿠사마 다이사쿠는 우연찮게 어떤 소녀와 만난 것을 계기로, GR-1 의 마스터 마인드가 되는데...